子宮内膜は子宮の内部にある組織で、女性ホルモンの影響を受けて周期的に変化し、生理（月経）を起こします。この子宮内膜組織（あるいは類似組織）が、子宮外の骨盤内で発育・増殖する疾患を子宮内膜症といいます。20代～30代の比較的若い女性に多く、良性の疾患ですが、疼痛や過多月経などのため日常生活の質を低下させたり、不妊症の原因になったり、様々な弊害を起こす疾患です。
卵巣に発生した子宮内膜症を、「卵巣チョコレート嚢胞」といいます。チョコレート嚢胞はしばしば破裂して急激な腹痛を起こすことがあります。

子宮内膜症の主な症状は下腹痛、腰痛などの月経時疼痛です。その他排便痛、性交痛、慢性骨盤痛などがあります。また内膜症患者のおよそ半数が不妊を合併します。内診、血液検査（血清CA-125値の測定）、超音波検査、MRI検査などを行い、臨床的に診断します。確定診断のために、腹腔鏡検査を行うこともあります。

子宮内膜症での対症療法とは月経困難症に対する治療です。月経困難症の頁で挙げたように、非ステロイド性抗炎症薬、漢方薬などを用います。

1. 低用量ピル療法（偽妊娠療法）・・・低用量ピルにより子宮内膜の増殖が抑制されるため、プロスタグランジン産生が減少し、月経痛が軽減します。
2. 黄体ホルモン療法（ジェノゲスト）・・卵巣機能抑制および子宮内膜細胞の増殖抑制により子宮内膜症に対する有効性を発揮します。ただし重大な副作用として不正出血があります。
3. GnRHアゴニスト療法（偽閉経療法）・・・女性ホルモンの濃度を閉経レベルまで低下させる治療です。ただし、のぼせ・ほてりなどの更年期症状が高率に起こることがあることと。長期投与では骨塩量の減少や脂質異常が起こることがあるため、6か月以上の持続投与は原則的にできません。

妊娠や子宮・卵巣の温存を希望される方には、腹腔鏡下卵巣チョコレート嚢胞摘出術、付属器（卵巣・卵管）摘出術、開腹による嚢胞摘出術や付属器摘出術などが行われます。一方、完全に子宮内膜症を根治する場合には、子宮および卵巣・卵管をすべて摘出します（単純子宮全摘出術および両側付属器摘出術）。

卵巣チョコレート嚢胞は、長期間お腹の中に存在することにより、卵巣がんが続発してくることが知られています（悪性化）。明細胞腺がんや類内膜腺がんという組織型（顔つき）のがんが多く、臨床的取扱いに苦慮する場合も少なくありません。卵巣チョコレート嚢胞に卵巣がんを合併する割合は、40歳代で4.1％、50歳代で21.9％と報告されています。またチョコレート嚢胞の大きさが10cm以上になると、有意にがんを合併する確率が高くなるとも言われています。40歳代以上もしくは大きなサイズの嚢胞の場合、積極的に摘出することが望まれます。